Die letzte Glocke in der Lohmarer Kirche etwa 1920

Die Postkarte im Jugendstil (um 1905) mit zwei Ansichten der alten und neuen Kirche von Lohmar zeigt links das älteste bisher bekannte Foto der alten Kirche und in der Gegenüberstellung den neuen dreischiffigen Erweiterungsbau der katholischen Kirche. Von dem romanischen Ursprungsbau ist noch der Chor des 12. Jahrhunderts und der aus Andesit gefertigte Frühstaufische Taufstein erhalten. Das Langhaus wurde Mitte des 18. Jahrhunderts umgebaut. 1778 wurde auch der Turm erneuert.
1900 wurde ein neuromanisches, dreischiffiges Langhaus aus Bruchsteinmauerwerk erbaut. Das heißt das bisher im Kern noch romanische einschiffige Mittelschiff wurde abgerissen, neu erstellt und um die beiden Seitenschiffe mit Sakristei und Vorraum zum Aufgang zur Orgelbühne – analog der Taufkapelle – nach den Plänen des königlichen Kreisbauinspektor Kosbach und Faust und den Verbesserungs- und Ergänzungsvorschlägen von Prälat Prof. Prill erweitert.
Ab 2006 wurde die komplette Kirche grundsaniert und liturgiemäßig angepasst. Wiedereinweihung fand am am 17. Dezember 2011 statt.
Im Rahmen der Fusionierung der Lohmarer Pfarreien im Pfarrverband, die von der Erzdiözese Köln für den 1.1.2010 festgesetzt wurde, ist die Lohmarer Kirche umbenannt worden: Aus „St. Johannes Enthauptung“ wurde „St. Johannes“.

Die Kirche mit dem ca. 35 Meter hohen Turm steht inmitten einer Gruppe reizvoller Fachwerkhäuser im sogenannten Kirchdorf, das lange Zeit als der älteste Kern von Lohmar galt. Im Jahre 1131, am 31. März, bestätigte Papst Innozenz II dem Bonner Probst, Gerhard von Aare den Besitz an der Kirche, eines Hofes (der Fronhof) und dem ganzen Zehnten im Kirchspiel Lohmar. Von der Zeit an hat das Bonner Cassiusstift, wie durch Urkunden erwiesen ist, das Zehntrecht in Lohmar ausgeübt. Bis 1803 war die Kirche im Besitz des Cassiusstifts.
Die Postkarte des oberen Kirchdorfs aus dem Jahr 1905 zeigt das wahrscheinlich älteste Foto des Fronhofes, als fast geschlossene Hofanlage, mit den beiden dazugehörigen Zehntscheunen. Die östliche Scheune im Vordergrund, mit dem kleinen Appendix des Backhauses, wurde 1955/56 im Zuge der neuen Spannbetonbrücke über die Agger und einer besseren Linienführung der Zubringerstraße zwischen Lohmar und Altenrath, der heutigen Brückenstraße, abgerissen. Die dahinterliegende, westliche Scheune ist heute zum Wohn- und Geschäftshaus ausgebaut. Zu der Zeit der Bilddokumentation war der Eigentümer Wilhelm Hohnrath und Ehefrau. Im Verlauf des letzten Jahrhunderts fand am Fronhof eine rege Bautätigkeit statt. Der westliche Flügel des Hofes wurde teilweise in einen Neubau einbezogen. Das Holz-Lehmflechtwerk wurde vollkommen überputzt und erhielt teilweise eine Schieferverkleidung. Der heutige Verlauf der Brückenstraße/Ecke Kirchstraße ist auf dem Bild nicht wahrzunehmen, hier war noch ein Bungert zu sehen. Bereits im Jahr 1975 wurde die Brücke durch eine neue über die Agger und die Autobahn ersetzt.

Die Ansichtskarte aus dem Jahr 1910 zeigt die Kirche und den angrenzenden eingefriedigten Kirchhof zu Lohmar. Die alte Kirche bestand aus dem romanischen Langhaus, das Mitte des 18. Jahrhunderts umgebaut worden ist. 1778 wurde auch der Turm erneuert. 
Schließlich erbaute der Fiskus 1900 ein neuromanisches, dreischiffiges Langhaus aus Bruchsteinmauerwerk. Das heißt, das bisher im Kern noch romanische einschiffige Mittelschiff wurde abgerissen, neu erstellt und um die beiden Seitenschiffe mit Sakristei und Vorraum zum Aufgang zur Orgelbühne (heutige Gnadenkapelle) – analog der Taufkapelle – erweitert. Vom Vorgängerbau ist heute noch der Chor des 12. Jahrhunderts und der aus Andesit gefertigte Frühstaufische Taufstein erhalten.
Bereits am 10.6.1900 wurde der Grundstein zur neuen Kirche gelegt und am 20.12. des gleichen Jahres die erste Hl. Messe gefeiert. Es dauerte jedoch noch bis Anfang des Jahres 1904 bis die Kirche fertiggestellt war und am 30. Mai 1904 das Gotteshaus konsekriert wurde. Seit Anfang der sechziger Jahre ist der Turm außen verputzt. Der Eingang, ein schlichtes Stichbogenportal, trägt die Jahreszahl 1778, der Errichtung des Turms im Schlussstein.